Der Fokus der Dauerausstellung in der Barfüsserkirche liegt auf der historischen Identität von Basel an der Schnittstelle der Kulturen der Schweiz, Deutschlands und Frankreichs. Anhand ausgewählter Themen und mit mehreren hundert Geschichtszeugnissen sowie Kunstwerken aus rund 2 000 Jahren wird die Basler Stadtgeschichte dokumentiert. Der Basler Münsterschatz und die Fragmente des Basler Totentanzes zählen zu den bedeutendsten Sehenswürdigkeiten der Stadt.
In der Ausstellung im Untergeschoss werden die Basler Bildteppiche mit den Lebens- und Phantasiewelten des Mittelalters, die Sammlungen der Renaissance- und Barockzeit mit der Kunstkammer als Weltmodell sowie das reiche archäologische Erbe der Region gezeigt. Zu den weiteren kulturgeschichtlichen Glanzstücken zählen das Münzkabinett und die Burgunderbeute.
