La primera mención de la Martinskirche data del año 1101. Un fresco de Hans Rohner sobre el gran pórtico del lado ancho del edificio frente a la Martinskirchplatz muestra a San Martín de Tours, de quien la iglesia toma su nombre. En el año 1525, el reformador Johannes Oekolampad fue nombrado párroco de la iglesia.
Ya desde finales de la Edad Media, las campanas de la Martinskirche anuncian el inicio de la feria de otoño de Basilea y el toque de diana o Morgenstreich del Carnaval de Basilea.
Hoy en día, la Martinskirche ya no se utiliza como iglesia. Desde su renovación a mediados del siglo XIX se ha reconvertido en sala de conciertos para orquestas y grandes coros debido a su excelente acústica.
